空のSceneを高い頻度で作成することはそんなに無いと思いますが、空のGameObjectを作成することは結構多いかと思います。空のGameObjectを作成するときは、ヒエラルキーViewで右クリックして「Create Empty」すれば出来ます。
出来ますけど、それなりに頻度が高い手順は当然、Unity側でショートカットを用意してくれているわけです。このショートカットを使えば２クリックが、１クリックになるので地味に便利だと思います。知らなかったという方はぜひ使ってみてはいかがでしょうか。
空のGameObject作成： Ctrl + Shift + 「N」
選択中のGameObjectの子として、空のGameObjectを作成： Alt + Shift + 「N」
「N」キーは "New" の略で設定されているはずで、他のツール等も同じように「N」キーを使ったショートカットを用意しているので覚えやすいですし、割と汎用的だと思っています。ですが、自分だけでは無いと思いますけど、片手では上手く押し切れないという…。まぁ慣れというより、手の構造的な問題なはずです、きっと。無理そうな人はおとなしく両手を使った方が早いというか、安定します。
また、下記のように空のSceneを作成するのにもショートカットが用意されていて、GameObjectを作成するよりもシンプルになっていたりします。押し間違えには注意してください。
空のScene作成： Ctrl + 「N」
